Friday, 21 June 2013

Isolasi Jamur dan Bakteri dari dalam tanah



BAB 1 PENDAHULUAN
1.1.      Latar belakang
Dalam mempelajari pelajaran tentang mikroba atau biasanya disebut bidang mikrobiologi manusia pada umumnya tidak bisa melihatnya dengan kasat mata saja, hal ini disebabkan mikrobiologi banyak dartikan makhluk yang paling kecil dan sulit damati tapi mikroba juga membentuk sebuah koloni yang tercampur dengan bakteri lainnya jadi kita manusia harus menggunakan media atau cara yang dapat membantu manusia dalam pengamatan mikroba, yaitu dengan mencari biakan murninya yang biasa disebut juga dengan isolasi. Isolasi bakteri merupakan suatu cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu dari lingkungan sehingga diperoleh kultur atau biakan murni. Ada beberapa cara umum yang dapat dilakukan dengan cara goresan (steak plate), cara taburan atau tuang (pour plate), serta mikromanipulator (the micromanipulator methods). Sebelum melakukan isolasi alat dan bahan harus disterilkan dengan menggunakan cairan khusus atau biasanya yang dipakai alkohol 75% atau 90% dimana alkohol itu dapat mematikan mikroba lain yang ada pada alat yang akan digunakan untuk mencari biakan murni mikroba serta dilakukan ditempat yang steril atau biasa disebut dengan “inkubator”. Sterilisasi adalah segala bentuk usaha untuk membebaskan alat-alat dan bahan dari semua bentuk kehidupan, terutama mkrobia. Di dalam proses isolasi sterilisai mutlak dibutuhkan, karena untuk mengisolasi suatu mikrobia alat-alat dan bahan harus steril jika ingin mendapatkan biakan murni sesuai yang kita inginkan.
 Secara alami, bakteri di alam ditemukan dalam populasi campuran. Hanya dalam keadaan tertentu saja populasi ini ditemukan dalam dalam keadaan murni. Untuk dapat mempelajari sifat biakan, morfologi, dan analisis lain, maka organisme yang akan diteliti harus dapat dipisahkan. Ini berarti bahwa harus ada biakan murni yang hanya mengandung satu jenis bakteri. Latar belakang diadakannya percobaan isolasi ini adalah untuk memelihara suatu mikroorganisme yaitu bakteri dan jamur media yang ada serta membedakan bahwa setiap mikroorganisme memiliki peranan yang berbeda dalam kehidupan, baik yang merugikan maupun yang menguntungkan..Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan dan tidak memerlukan tempat yang besar, mudah ditumbuhkan dalam media buatan yang dilakukan dalam percobaan ini, dan tingkat pembiakannya relatif cepat saat inkubasi.


1.2.      Tujuan
























BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA
Isolasi adalah cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentudari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobianya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Isolasi dapat dilakukan dengan dua metode yaitu metode cawan tuang dan metode cawan gores. Isolasi adalah cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentudari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobianya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Ada berbagai cara untuk mengisolasi bakteri dalam biakan murni yaitu, cara pengenceran, cara penuangan, cara penggesekan atau penggoresan, cara penyebaran, cara pengucilan 1 sel, dan cara inokulasi pada hewan. Masing-masing mempunyai kelebihan dan kekurangan (Waluyo, 2007).
Beberapa cara umum yang dapat dilakukan untuk mengisolasi mikroba antara lain untuk mengisolasi bakteri dapat dilakukan dengan cara goresan (streak plate), cara taburan atau tuang (pour palte), cara sebar (spread plate), cara pengenceran (dilution method), serta manipulator (the micro manipulator method). Metode pengenceranbertujuan untuk memperkecil atau mengurangi jumlah mikroba yang tersuspensi dalam cairan, dengan cara melakukan pengenceran bertingkat terhadap sampel air.Sedangkan metode tuang adalah suatu metode yang dilakukan dengan caramemasukkan sampel yang telah diencerkan terlebih dahulu ke dalam cawan petri, dan dituangi dengan medium (Lay W, 1992).
Mikroorganisme dapat diperoleh dari lingkungan air, tanah, udara, suubstrat yang berupa bahan pangan, tanaman dan hewan. Jenis mikroorganismenya dapat berupa bakteri, khamir, dan sebagainya. Populasi dari mikrobia yang ada di linkungan ini sangatlah beraneka ragam sehinga dalam mengisolasi diperlukan beberapa tahap penanaman sehingga berhasil diperoleh koloni yang tunggal. Koloni yang tunggal ini kemudian yang akan diperbanyak untuk suatu tujuan penelitian misalnya untuk menngisolasi DNA mikroba yang dapat mendeteksi mikroba yang telah resisten terhadap suatu antibiotik. Atau untuk mengetahui mikroba yang dipakai untuk bioremediasi holokarbon (Ferdiaz, 1992).
Media berfungsi untuk menumbuhkan mikroba, isolasi, memperbanyak jumlah, menguji sifat-sifat fisiologi dan perhitungan jumlah mikroba, dimana dalam proses pembuatannya harus disterilisasi dan menerapkan metode aseptis untuk menghindari kontaminasi pada media. Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA juga digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif, dalam artian mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media sederhana yang dibuat dari ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah satu media yang umum digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk pangan, untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri, dan untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni dengan cara disterilisasi dengan autoklaf pada 121°C selama 15 menit (Fathir et al., 2009).
Banyaknya isolat Streptomyces yang ditemukan dalam tanah karena genus ini mampu tumbuh lebih cepat dan jumlah jenis yang tinggi. Sampai saat ini sudah ditemukan sekitar 500 jenis Streptomyces dari seluruh dunia. Disamping itu streptomices tersebar di semua tipe habitat terutama tanah. Genus ini memiliki rantai spora pada hifa aerial dan memiliki miselium yang lengkap. Kelimpahan miselium yang tinggi dan rantai sporanya panjang. Spora tersusun dalam bentuk kumparan yang menggulung atau berpilin. Ada juga yang berbentuk untaian panjang melengkung. Rantai spora Streptomyces sangat jelas terlihat pada pengamatan mikroskopik, karena memiliki bentuk yang khas. Hifa vegetatif memproduksi miselium bercabang sangat banyak dan jarang yang berfragmen dengan diameter 0,5 – 2 um. Miselium aereal saat dewasa membentuk rantai spora berjumlah tiga atau lebih dan memiliki spora nonmotil (Nurkanto, 2007).
Isolasi jamur menggunakan medium PDA (Potato Dextrose Agar) yang dibuat sendiri. Sebanyak 200 g kentang yang telah dikupas dan dibersihkan kemudian diiris tipis-tipis. Kentang direbus selama 15-20 menit dengan aquades secukupnya, kemudian disaring dengan kain. Filtrat yang dihasilkan kemudian ditambahkan 20 g dekstrosa dan volumenya dijadikan satu liter. Medium padat dibuat dengan menambahkan 20 g agar. Medium disterilisasi dalam autoklaf pada suhu 1200C dan tekanan 15 psi selama 15 menit (Saryono et al.,2002)














BAB 3 METODOLOGI
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum Teknik Media Tanam dengan acara Isolasi Jamur dan bakteri dari dalam tanah dilaksanakan pada hari kamis, 21 April 2012 pada pukul 14.00 WIB sampai dengan selesai di Laboratorium Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Jember.

3.2 Alat  dan Bahan
3.2.1 Alat
1. Tabung reaksi
2. Cawan petri
3. Jarum ose
4. Pipet
5. Vortex
6. Laminary air flow
7. Lampu Bunsen
8. Hand counter
9. Colony counter
3.2.2 Bahan
1. Sampel tanah
2. Air steril
3. Medium PDA dan NA
4. Alkohol 95 %
3.3 Cara Kerja
1. Menimbang 1 gram tanah dan memasukkan ke dalam erlenmeyer berisi 100 ml air steril kemudain menggojog sampai terbentuk suspensi yang homogen. Selanjutnya mendiamkan dan mengambil 1 ml bagian yang jernih dan memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 ml air steril. Melakukan hal tersebut berulang – ulang sampai pengenceran 103.
2. Untuk mengisolasi jamur, pada pengenceran 103 (1:1000) mengambil 100 µml dan menuang ke dalam cawan petri steril yang telah berisi asam asetat tiga tetes. Selanjutnya medium PDA dengan suhu 45 – 500C menuagkannya ke dalam cawan petri tersebut.
3. Untuk mengisolasi bakteri pada pengenceran 103 (1:1000) mengambil 100 µml dan menuang ke dalam cawan petri steril yang telah berisi asam asetat tiga tetes. Selanjutnya medium NA dengan suhu 45 – 500C menuagkannya ke dalam cawan petri tersebut.
4. Menggoyang – goyangkan cawan petri dengan harapan agar tercampur rata dan menginkubasikan pada suhu ruang selama 24 jam untuk bakteri dan untuk jamur selama 24 – 96 jam.
5. Melakukan pengamatan dan menghitung jumlah koloni yang tumbuh dengan colony counter.












BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1. Hasil pengamatan
4.2 Pembahasan
            Isolasi suatu mikrobia adalah memisahkan mikrobia dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam medium. Pada praktikum kali ini teknik isolasi dilakukan pada isolasi jamur dan bakteri. Bakteri dan jamur pada media tanah ada yang menjadi pathogen untuk tanaman maka dari itu dilakukan pengisolasian agar dapat dengan udah elakukan identifikasi dan mengetahui spesies bakteri atau jamur yang dapat menjadi pathogen.
Pengamatan bakteri itu dapat kita lakukan secara individual, satu per satu, maupun secara kelompok dalam bentuk koloni bakteri. Besar kecilnya koloni, mengkilat tidaknya, halus kasarnya permukaan, dan warna koloni merupakan sifat-sifat yang diperlukan dalam menentukan identifikasi spesies. Warna bakteri baru tampak jelas, jika bakteri itu diamati dalam kelompok atau koloni. Kebanyakan bakteri mempunyai warna yang keputih-putihan, kelabu, kekuning-kuningan, atau hampir bening, akan tetapi ada juga beberapa spesies yang mempunyai pigmen warna yang lebih tegas. Sedangkan jamur memiliki warna lebih gelap deibandingkan bakteri.
Pada praktikum kali ini, sample tanah yang akan diamati untuk menghitung banyak koloni jamur dan bakteri adalah pada sample tanah terdiri dari tanah saja , sample tanah terdiri dari tanah+kompos dengan perbandingan 1:1, sample tanah terdiri dari tanah+pupuk kandang dengan perbandingan 1:1 dan yang terakhir adalah sample tanah terdiri dari tanah+cocopeat+pupuk kandang dengan perbandingan 1:1:1 kandang . Setalah melakukan inkubasi terhadap biakan murni jamur dan bakteri tersebut selama waktu yang ditentukan maka didapatkan hasil sebagai berikut pada pengamatan pertama, koloni bakteri selama 1 hari pada media KINGS B pada masing-masing kelompok yaitu untuk kelompok 1 terdapat 366 koloni, untuk kelompok 2  terdapat 286 koloni, untuk kelompok 3 terdapat 265 koloni, dan untuk kelompok 4 terdapat 943 koloni. Pada pengamatan hari ke-2, terdapat perubahan jumlah koloni bakteri pada masing-masing kelompok yaitu untuk kelompok 1 yang semakin menurun jumlahnya terdapat 90 koloni, untuk kelompok 2  terdapat 1 koloni, untuk kelompok 3 dan 4 semakin naik jumlahnya dimana kelompok 3 mendapatkan 314 koloni, dan untuk kelompok 4 terdapat 1127 koloni. Pada pengamatan terahir, terdapat pula perubahan jumlah koloni bakteri pada masing-masing kelompok yaitu koloni jamur tambah naik jumlahnya dimana kelompok 1 mendapatkan mendapatkan 525 koloni, untuk kelompok 2  terdapat 542 koloni, untuk kelompok 3 terdapat 482 koloni, dan untuk kelompok 4 terdapat 1390 koloni.
Pengamatan isolasi jamur dilakukan pula pada hari ke pertama, didapatkan koloni jamur setelah dilakukan perhitungan menggunakan koloni counter. Pada pengamatan hari pertama, entah kelompok 1 entah kelompok 3 entah kelompok 4 tidak terdapat koloni jamur sama sekali baik pada media PDA 1 maupun pada media PDA 2, sedangkan untuk kelompok 2 diperoleh koloni jamur pada media PDA1 sejumlah 8 dan pada media PDA 2 sejumlah 7. Pada hari ke 2 masing-masing media pada kelompok 1 masih tidak terdapat koloni jamur satu pun, sedangkan untuk kelompok 2 semakin meningkat karena terdapat 17 koloni jamur pada media PDA 1 dan pada media PDA 2 16. Sementara untuk kelompok 3 pada PDA1 tidak terdapat koloni jamur satu pun sedangkan pada media PDA 2 didapatkan koloni jamur sejumlah 2. Kemudian untuk kelompok 3 pada media PDA 1 terdapat 3koloni jamur dan pada media PDA2 tidak. Pada pengamatan terahir yaitu pada hari ke 3, untuk kelompok 1, tidak terdapat sama sekali koloni jamur baik pada media PDA 1 maupun pada media PDA 2. Untuk kelompok 2 dan 4, jumlah koloni jamurnya tetap, tidak ada perubahan entah pada media PDA1 entah media PDA 2. Sedangkan untuk kelompok 3, pada media PDA1 terdapat koloni jamur sejumlah 5 dan pada media PDA2 tidak ada perubahan pula.
Berdasarkan data tersebut maka dapat diketahui, rata-rata jumlah koloni dari seluruh data pengamatan baik jamur dan bakteri pada masing-masing kelompok. Untuk kelompok 1 terdapat rata-rata 385 koloni bakteri dan tidak terdapat koloni jamur. Untuk kelompok 2 terdapat 276 koloni bakteri dan 11 koloni jamur pada media PDA 1 sedangkan pada media 2 terdapat 10. Untuk kelompok 3 terdapat 354 koloni bakteri dan 2 koloni jamur pada media PDA 1 sedangkan pada media PDA 2,3 hanya terdapat 1,3. Untuk kelompok 4 terdapat 1153 koloni bakteri dan 2 koloni jamur pada media PDA 1 sedangkan pada media PDA 2 tidak terdapat satu pun. Apabila data menunjukkan jumlah koloni jamur dan bakteri berkurang dikarenakan koloni-koloni tersebut bergabung dan membentuk struktur secara bertahap, tetapi terdapat pula peningkatan jumlah koloni, hal tersebut dapat diartikan bahwa mulai tumbuhnya koloni baru yang membutuhkan waktu tertentu dan berbeda dengan koloni lain. Pada pengamatan biakan jamur ini dapat diketahui bahwa media tanah yang mengandung paling banyak koloni bakteri adalah pada sampel tanah yang terdiri dari tanah+cocopeat+pupuk kandang yang diamati oleh anggota kelompok 4. Hal ini dapat disebabkan dari keanekaragaman mikroorganisme dalam media tersebut lebih banyak dibanding media lain juga serta kondisi kandungan makanan seperti karbohidrat atau nutrisi lainnya dalam media ini dapat dikatakan bahwa mampu memenuhi kebutuhan mikroorganisme seperti bakteri untuk bertumbuh dan berkembang semkasimalnya. Selain itu, dalam melakukan isolasi pada praktikum ini, media yang digunakan dalam isolasi harus sesuai dengan mikroorganisme yang akan dibiakkan karena apabila media yang digunakan tidak sesuai dengan mikroorganisme yang kita isolasi maka mikroorganisme tersebut akan terhambat pertumbuhan serta perkembangannya bahkan tidak akan bisa tumbuh. Sedangkan media yang paling banyak ditumbuhi koloni jamur adalah sampel tanah yang terdiri dari tanah+kompos pada media PDA 1, hal ini dapat disebabkan oleh kondisi kemasaman media tersebut. Pemberian pupuk organik seperti kompos juga dapat mempengaruhi pertumbuhan jamur tetapi dengan kelembapan tertentu. Dari hasil penuangan suspensi tanah kedalam petridish didapat koloni jamur, dan terdapat warna putih menunjukkan jamur yang mempunyai hifa.
Pada praktikum ini, dilakukan pula pengenceran untuk mendapatkan koloni yang akan diisolasi dengan meminimalkan kontaminasi dan penambahan nutrisi untuk mikroba. Kontaminasi ini dapat disebabkan oleh bebrapa faktor misalnya sentuhan tangan praktikan di daerah yang sangat kritis atau pada alat-alat yang digunakan selama praktikum berjalan. Kemungkin terjadinya kontamanisi juga dapat disebabkan oleh keluarnya udara yang dihasil oleh pernafasan praktikan. Selain itu, tidak diberikannya antiseptic pada media PDA yang digunakan, sehingga bakteri akan mengkontaminasi kapang pada media PDA tersebut.
Tanah sebagai suatu sistem, memiliki anggota komunitas yang tersusun dari berbagai populasi mikroba sperti bakteri dan jamur yang telah ditemukan selama pengaman pada praktikum ini. Macam dan jumlah mikroba tanah tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor jenis tumbuhan, pH, temperatur, curah hujan, macam tanah dan kelembaban tanah. Dalam tanah yang subur misalnya dapat mengandung lebih dari 100 juta mikroorganisme per gram tanah.selain itu bakteri lebih banyak bertempat pada daerah yang kemasaman sedang (normal) sebab ditemukan paling banyak pada sample tanah yang terdiri dari tanah+cocopeat+pupuk kandang, sedangkan jamur/cendawan lebih banyak pada tanah yang kemasaman rendah (masam). Selain itu Kondisi lingkungan yang mendukung dapat memacu pertumbuhan dan reproduksi bakteri, disamping itu kondisi lingkungan juga dapat membuat bakteri dan mikroorganisme lain tidak dapat bertahan hidup. Faktor-faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap pertumbuhan dan reproduksi bakteri adalah suhu, kelembapan, dan cahaya. Selain faktor lingkungan, pada praktikum ini faktor sterilisasi juga sangat diperhatikan, karena media yang digunakan untuk tumbuh bakteri dan jamur harus steril dari mikroorganisme yang dapat merusak media tersebut.
Sebagian besar mikroorganisme tanah memiliki peranan yang menguntungkan, yaitu berperan dalam menghancurkan limbah organik, siklus hara tanaman, fiksasi nitrogen, pelarut posfat, merangsang pertumbuhan, biokontrol patogen, dan membantu penyerapan unsur hara. Organisme tanah berperan penting dalam mempercepat penyediaan hara dan juga sebagai sumber bahan organik tanah. Mikroorganisme tanah sangat nyata perannya dalam hal dekomposisi bahan organik pada tanaman tingkat tinggi. Dalam proses dekomposisi sisa tumbuhan dihancurkan atau dirombak menjadi unsur yang dapat digunakan tanaman untuk tumbu. Selain memiliki keuntungan tentunya mikroorganisme juga memiliki beberapa kerugian yaitu mikrooganisme yang bersifat pathogen karena bisa memperkembang biakkan virus juga bisa menjadi sumber penyakit yang dapat menyerang tanaman terutama pada bagian perakaran yang akan menimbulkan tanaman jadi rusak  dan gejala lainnya seperti tanaman layu, daun menguning, dan lain sebagainya sehingga hasil produksi akan tidak menyenangkan.
Percobaan isolasi ini adalah untuk memelihara suatu mikroorganisme yaitu bakteri dan jamur media yang ada serta membedakan bahwa setiap mikroorganisme memiliki peranan yang berbeda dalam kehidupan, baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. Dengan demikian, mikroba yang baik yaitu yang dapat dimanfaatkan ataupun yang dapat memberi keuntungan dalam suatu usaha, misalnya dalam bidang pertanian, banyak sekali mikroorganisme yang dapat membantu para petani dalam pengolahan tana karena adanya mikroorganisme yang berperan aktif untuk menyubur tanah sebagai lahan pertanian. Sedangkan mikroba yang buruk yaitu mikroorganisme yang mendatangkan kerugian dalam suatu kegiatan. Dari masing-masing golongan mikroorganisme yang terkandung di dalam tanah, ada juga yang dapat menyebab penyakit bagi tanaman, yaitu yang bersifat pathogen.

















BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
            Berdasarkan hasil yang terdapat dalam dalam pelaksanaan praktikum ini maka dapat disimpulkan bahwa:
·         Isolasi adalah kegiatan mengambil mikroorganisme yang ada di alam untuk dibiakkan secara murni didalam media yang steril
·         Mikroorganisme banyak tersebar diberbagai tempat dan salah satunya adalah di tanah
·         Mikroorganisme tersebut dapat diidentifikasi jenis, jumlah koloni spesies dan sifat-sifatnya dengan melakukan isolasi
·         Media yang dingunakan untuk mengisolasi bakteri dan jamur tidak sama, bakteri harus diisolasi pada media KINGS B sedangkan jamur diisolasi pada media PDA
·         Sampel tanah yang terdiri dari tanah+cocopeat+pupuk kandang mengandung lebih banyak mikroorganisme khususnya bakteri dibandingkan jumlah bakteri dalam media lain. Hal tersebut membuktikan bahwa didalam tanah terdapat banyak sekali kehidupan baik bakteri, jamur dan mikroorgansme lain.
·         Banyak faktor yang dapat menyebabkan adanya mikroba, yaitu kelembapan tanah dan temperature, dan lain-lainnya
·         Banyaknya kandungan bakteri dan jamur pada tanah diakibatkan tanah tersebut terkena infeksi jamur atau bakteri dari lingkungannya
·         Mikroorganisme tanah ada yang dapat menguntungkan dan juga ada yang dapat merugikan

5.2. Saran
·         Sebaiknya praktikan sangat berhati-hati dalam melakukan teknik isolasi dam pemurnian agar tidak terjadi kontaminasi.
·         Para praktikan diharapkan memakai masker untuk meminimalisir terjadinya kontaminasi.

DAFTAR PUSTAKA
Indrawati Gandjar. 2005. Mikologi Dasar dan Terapan. Jakarta. Yayasan Obor Indonesia
Nurkanto, Arif. 2007. Identifikasi Aktinomisetes Tanah Hutan Pasca Kebakaran Bukit Bangkirai Kalimantan Timur Dan Potensinya Sebagai Pendegradasi Selulosa Dan Pelarut Fosfat. Jurnal Biodiversitas. Vol.8(4):314-319.
Panagan, Almundy. 2011. Isolasi Mikroba Penghasil Antibiotika dari Tanah Kampus Unsri Indralaya Menggunakan Media Ekstrak Tanah. Jurnal Penelitian Sains. Vol.14(3).27-30.
Purwaningsih, Sri. 2005. Isolasi, Enumerasi, dan Karakterisasi Bakteri Rhizobium dari Tanah Kebun Biologi Wamena, Papua. Jurnal Biodiversitas.Vol.6(2)82-84.
Rachman Sutanto. 2002. Penerapan pertanian organik: pemasyarakatan dan pengembangannya. Jakarta. Kanisius.
Rachman Sutanto. 2005. Dasar-dasar ilmu tanah, konsep dan kenyataan. Jakarta. Kanisius
Saryono, dkk. 2002. Isolasi Dan Karakterisasi Jamur Penghasil Inulinase Yang Tumbuh Pada Umbi Dahlia (Dahlia Variabilis). Jurnal Natur Indonesia.Vol.4(2):171-177.





           











No comments:

Post a Comment